一方、中小水力発電については、これまで、開発に際しての環境負荷への配慮や、開発可能性の観点から、水路式の水力発電のうち１,０００キロワット以下のものだけが、ＲＰＳ法の対象設備として認定されてきた。

　総合資源エネルギー調査会新エネルギー部会ＲＰＳ法評価検討小委員会・報告書（平成１８年５月）では、「（ＲＰＳ法は）新エネルギー等設備の新旧は問わないという原則を維持しつつ、新エネルギー等の導入量拡大を政策として目指している」、「対象電源については既設量に比し新規開発ポテンシャルがどの程度存在するのか、一層の経済性の改善が見込まれるか等について検討することが必要である」とされている。

　水力発電は、他の新エネルギーと同様に国産エネルギーであり、二酸化炭素を排出しないという長所を有している上に、長期固定電源としても期待できる。このうち、１,０００キロワット超１０,０００キロワット以下の水力発電所については、相当量の開発可能資源量が賦存しているものの、現時点では、これらの開発地点の多くは、経済性等の観点から開発が困難な状況にある。

　一方、河川維持用水利用発電や利水放流水発電などについても、１,０００キロワット以下のものについては、水路式水力発電同様、開発に際する環境負荷が低いことや、未利用エネルギーの有効利用として自治体や市民からの関心が高まっており、関係省庁においても規制緩和や普及施策が取り組まれている。また、近年各種調査によって一定の開発可能性が示されつつある。

さらに、１,０００キロワット以下の発電所をより多くＲＰＳ法の対象にすることにより、小型の発電機等の量産効果による経済性の改善も期待できる。このため、平成１９年度（２００７年度）以降は、河川維持用水利用発電や利水放流水発電等についても、１,０００キロワット以下のものについては、新たにＲＰＳ法の対象設備として含めることが適当としている。

　地熱発電については、地熱資源である熱水を著しく減少させない発電の方法であるもののみがＲＰＳ法の対象設備となっており、これまで、中高温型のバイナリー方式の１件のみが実際に認定されている。我が国には相当量の開発可能資源量が賦存しているものの、地熱発電に対する認識や経済性の改善が未だ十分でなく、新規の地熱発電所の開発は進んでいない。今後の開発拡大が見込まれる地熱発電として、温泉水を活用するなどにより低温領域での発電がある。

このような発電は、最もコストを要する掘削が基本的に不要であり、また、すでに湧出している温泉水を利用するものであることから関係者の理解を得やすいと見られ、今後の普及が期待されている。このため、平成１９年度（２００７年度）以降は、温泉水を活用したもの等であっても、熱水を著しく減少させないと認められるものについては、積極的にＲＰＳ法の対象設備として認定していくことになる。

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