熊本市のシンボル、熊本城も大きなダメージを受けた。16日未明の大きな揺れで城東側にある東十八間櫓（やぐら）と北十八間櫓が石垣ごと倒壊。東十八間櫓は国の重要文化財に指定されていた。熊本城はところどころで石垣が崩れていて、石垣を形づくっていた大きな石が道路に転げ落ちている場所もあった。
櫓の一部は近くにある熊本大神宮の建物を押しつぶしていた。
付近の舗道は一部盛り上がり、舗装が割れている部分も見受けられた。
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